Jaanus Vaiksoo on sündinud 5. jaanuaril 1967 Paides. Aastatel 1974–85 õppis Tallinna 32. Keskkoolis, 1985–91 Tallinna Pedagoogilises Instituudis ning täiendas end Greifswaldi, Viini ja Tampere ülikoolis kirjandusteaduse alal. 1994. aasta kevadel kaitses magistritööd teemal „August Gailiti romaani „Toomas Nipernaadi” lugemismudelid”.
Aastatel 1991–2000 oli J. Vaiksoo Tallinna Pedagoogikaülikooli eesti kirjanduse õppetooli õppejõud ja tegeles eesti kirjanduse ajaloo uurimisega. 2000–2005 oli ta Rocca al Mare Kooli humanitaarainete õppetooli juhataja ja emakeeleõpetaja, 2012–15 samas koolis kultuuri õppetooli juhataja. Töötanud 2008–2012 ajakirja Keel ja Kirjandus kirjandusteaduse toimetajana. Aastast 2015 ajakirja Eesti Jahimees peatoimetaja.

Aastast 2005 on Jaanus Vaiksoo Eesti Kirjanike Liidu liige. Alates 2000. aastast, mil ilmus Jaanus Vaiksoo esimene lasteraamat „Neli hommikut ja üks õhtu”, on ta avaldanud jutu- ja luuleraamatuid lastele ning kuulub tänapäeva eesti olulisemate ja populaarsemate lastekirjanike hulka. Ta kirjutab jutte ja luuletusi ajakirjale Täheke.

Lisaks ilukirjandusele on Jaanus Vaiksoo kirjutanud aabitsa (koos Sirje Toomlaga), stsenaariumi ETV lastesaatele „Saame kokku Tomi juures” 2006–2011 (koos Wimbergiga) ja telefilmile „Jaagupi jõulud“ (2005) ning libreto Estonia poistekoori seiklusooperile „Kastanid tulest“ (2017). Mitmeid Jaanus Vaiksoo luuletusi on viisistanud Andres Lemba. 2019. aasta laulupeol kõlas nende ühisloominguna laul „Vanaisa“ poiste- ja meeskooride esituses.